トランスフェクト、とかトランスフェクションとは、「細胞に外来DNAなどを導入する過程」です（Wikipedia）。組み込まれるということですね。
タイトルにある「末端修飾直鎖状 DNA」というのは難しい概念ですが、東京工業大学の DNA、RNA の末端および内部に対する化学修飾法の開発という資料などである程度わかる部分もあります。
哺乳動物細胞トランスフェクション時の末端修飾直鎖状 DNA の高い自発的組み込み率
nature.com 2023/04/26
High spontaneous integration rates of end-modified linear DNAs upon mammalian cell transfection
概要
遺伝子治療において、治療用導入遺伝子が宿主細胞ゲノムに組み込まれる可能性は、挿入突然変異誘発や腫瘍形成を引き起こす可能性がある重大なリスクだ。
ウイルスベクターは遺伝子送達媒体としてよく使用されるが、組み込み事象が発生する傾向がある。
より最近では、閉鎖末端直鎖二本鎖 DNA (CELiD) などの修飾された幾何学的形状を有する直鎖状 DNA の非ウイルス送達が、導入遺伝子発現の延長と細胞毒性の低下により、代替手段として有望であることが示されている。
しかし、修飾末端直鎖状 DNA が安全な非組み込み型遺伝子導入を提供できるかどうかについては未解決のままだ。
ここでは、環状プラスミド、未修飾線状 DNA、チオエステル ループを有する CELiD、およびストレプトアビジン結合末端ブロック末端線状 DNA の形の発現ベクターを細胞にトランスフェクションしたときのゲノム組み込み頻度を比較する。
線状 DNA のすべての形式で、最初にトランスフェクトされた細胞の 10 ～ 20% という高い割合の細胞が安定してトランスフェクトされた。
これらの結果は、直鎖状 DNA の末端をブロックするだけでは組み込みを防ぐには不十分であることを示している。