この論文で事例として取り上げられている患者は、免疫不全の人でした。ワクチンによる後天性免疫不全の場合にも当てはまるものだと思います。
免疫抑制患者の慢性新型コロナウイルス感染症は時間の経過とともに系統の変化を示す：症例報告
BMC 2024/01/04
Chronic COVID-19 infection in an immunosuppressed patient shows changes in lineage over time: a case report
概要
事例紹介
この免疫不全患者は慢性的な新型コロナウイルス感染症を患っていた。患者にはホジキンリンパ腫の病歴があり、化学療法と幹細胞移植による治療を受けていた。
治療の過程で、患者から採取した 11個の呼吸器サンプルが全ゲノム配列決定とそれに続く系統特定によって分析された。
患者内に存在するウイルスの長期にわたる全ゲノム配列決定により、患者がさまざまな時点で 3つの異なる系統のウイルスを保有していることが明らかになった。患者は最初に B.1.1.176 系統に感染し、その後 BA.1 に同時感染していた。
患者が B.1.1.176 と BA.1 の両方に同時感染した場合、シークエンシングリード量に基づいて、患者内でウイルス集団がほぼ同じ割合で検出された。
さらにサンプリングを行ったところ、最後の 2つの時点で患者内に存在する系統は BA.2.9 であることが判明した。患者は最終的に呼吸不全を発症し、死亡した。
結論
このケーススタディは、COVID-19 に複数回感染した免疫不全患者に起こり得る変化の一例を示している。
さらに、この症例は、COVID-19 の 2つの系統の同時同時感染が、標準的な方法による系統の割り当てが不明瞭になる可能性があることを示しており、これにはさらなる調査が必要だ。
COVID-19 の慢性感染および再感染の症例を分析する場合には、存在するウイルスの系統を適切に特定するように注意する必要がある。