どうやら、ほぼ永続的に体内に残る可能性もあるようです。これは自然感染もワクチンも同様と見られます。腸の内壁は数日ごとに入れ替わるそうで、体内で「複製」し続けている可能性が高くなっています（ということは脳内でも）。
以下はそのプレプリント論文の概要です。
マルチモーダル分子イメージングにより、組織ベースの T 細胞の活性化と、新型コロナウイルス感染症後最大 2 年間のウイルス RNA の残留が明らかに
ncbi.nlm.nih.gov 2023/07/31
Multimodal Molecular Imaging Reveals Tissue-Based T Cell Activation and Viral RNA Persistence for Up to 2 Years Following COVID-19
概要
SARS-CoV-2 感染後の急性期医学的罹患率および原因不明の症状 (長期にわたる新型コロナウイルス後遺症) の病因メカニズムは完全には理解されていないが、ウイルスの存続と免疫調節異常が主要な役割を果たしている可能性があるという証拠が増えている。
私たちは、新規放射性医薬品[ 18 F]F-AraGを使用して、急性 SARS-CoV-2 感染後 27日から 910日の範囲の時点で 24人の参加者からなるコホートで全身陽電子放射断層撮影法（PET）イメージングを実施した。
これは、活性化 Tリンパ球の解剖学的定量を可能にする選択性の高いトレーサーだ。
長期にわたる新型コロナウイルス症状の有無にかかわらず、急性期新型コロナウイルス感染症後のグループにおけるトレーサーの取り込みは、脳幹、脊髄、骨髄、鼻咽頭および肺門、心肺組織、腸壁のリンパ組織を含む多くの解剖学的領域において、パンデミック前の対照群と比較して有意に高かった。
T細胞の活性化は、急性疾患の発生時期に近い画像撮影された参加者でより高い傾向があったが、SARS-CoV-2 感染後 2年半以内に画像撮影された参加者ではトレーサーの取り込みが増加していた。
私たちは、脊髄および腸壁における T細胞の活性化が長期のコロナ後遺症の症状の存在と関連していることを観察した。
さらに、肺組織へのトレーサーの取り込みは、肺症状が持続する患者においてより高かった。
注目すべきことに、これらの組織における T細胞活性化の増加は、長期のコロナ後遺症を持たない多くの個体でも観察された。
腸内で高い [ 18 F]F-AraG 取り込みが検出されたことを考慮して、長期のコロナ後遺症の症状のある参加者のサブセットにおける in situ （※ 生体内の本来の場所での）ハイブリダイゼーション SARS-CoV-2 RNA および免疫組織化学的研究のために結腸直腸組織を入手した。
私たちは、これらすべての参加者の直腸 S状結腸固有層組織において、最初の COVID-19 罹患後 158日から 676日の範囲で細胞性 SARS-CoV-2 RNAを同定した。
これは、組織ウイルスの存続が長期的な免疫学的混乱と関連している可能性を示唆している。